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抗生素的抗菌機(jī)理一般是通過影響或者干擾細(xì)菌代謝過程的生化反應(yīng)，抑制細(xì)菌細(xì)胞壁的合成或者核酸等物質(zhì)的代謝等方式，阻止抑制細(xì)菌分裂繁殖而殺菌或者抑菌，是一種化學(xué)方式的 作用機(jī)理。細(xì)菌在適應(yīng)與識(shí)別這種干擾機(jī)制后，就能產(chǎn)生相關(guān)酶類物質(zhì)對抗消除抗生素的作用，而使細(xì)菌的分裂繁殖順利進(jìn)行下去，這也是細(xì)菌耐藥性產(chǎn)生的機(jī)理。 

抗菌肽主要是通過物理電性作用的方式破壞細(xì)菌的細(xì)胞膜，是一種物理的方式，造成結(jié)構(gòu)性的損壞，細(xì)菌對這種物理破壞細(xì)胞結(jié)構(gòu)的作用機(jī)制無法對抗而產(chǎn)生適應(yīng)性 和耐受性，因此，在理論和作用機(jī)制上，抗菌肽不論在什么情況下都不會(huì)引起細(xì)菌的耐藥性產(chǎn)生。這是抗菌肽與抗生素的本質(zhì)性區(qū)別。